Plasmid library (質體圖庫)-CRISPR Services (基因編輯服務)-盟基生物科技股份有限公司

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Plasmid library (質體圖庫)

Plasmid library (質體圖庫)

CRISPR Services (基因編輯服務)

Plasmid library (質體圖庫)

為已經建構好的 CRISPR plasmid library,針對 human 或 mouse 全部基因一次做大量的篩選,快速找到導致 phenotype 改變的基因。

CRISPR 被稱為第三代基因編輯技術,相較於先前的 TALEN 與 ZFN 系統而言,CRISPR 操作更簡單,且成功率更高。Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) and CRISPR-associated protein (Cas) 為細菌特殊的免疫系統,保護細菌免受病毒感染。CRISPR 技術是由 Cas9 蛋白質透過 gRNA 和目標基因的鹼基配對互補性,專一性結合目標基因染色體 DNA,並進行雙股裁切 (double strand break, DSB)。而發生 DSB 的染色體會以兩種方式修復,NHEJ (non-homologous end joining) 容易造成基因功能缺失 (knockout),而 HDR (homology-directed repair) 引入 ssDNA template 則可以插入或置換特定序列 (knockin)。鹼基配對的特性使得 CRISPR 專一性更高,操作和設計更簡單,因此被廣泛應用於基因工程領域。GenScript 提供 CRISPR Plasmid library (質體圖庫),可針對全部基因一次做大量的篩選,讓您省下設計時間和人力 (圖一)。

一、服務介紹
GenScript 和張鋒實驗室共同合作 (Feng Zhang’s laboratory at the Broad Institute of MIT and Harvard),提供 gRNA CRISPR Plasmid library (質體圖庫)。共分三種已設計好的 library (表一~三),省下設計時間和人力,也可客製化設計專屬的 Library (圖二)。所有 Library 皆經過 NGS 測序,確保 Library diversity。


圖一:CRISPR library 使用方法示意圖,以已經建構完成的 CRISPR library (質體),製作慢病毒 library,感染細胞並經過篩選後,找出 phenotype 改變的細胞株,進而發現相關的基因。


圖二:全客製化 CRIPSR Library,針對有興趣的疾病或路徑,設計出專屬的 CRISPR Library。(1) 半導體晶片方式合成 Oligo:正確性和均勻度更高、交期更快。(2) 一步就位:直接接到客戶載體上,省下 Cloning 時間。(3) NGS 檢測,>99% 覆蓋率。


二、服務應用
針對目標基因一次做大量的篩選:
可以一次針對所有基因做 knock-out 或是促進表現,也可以選購 Pathway-focused CRISPR gRNA library,針對特定訊息路徑或疾病,一次檢測所有相關基因。



三、服務方案
針分三種 Library,可一次針對所有基因做 knockout (表一) 或促進表現 (表三),或是針對特定疾病或訊息傳遞路徑 (表二)。

表一:GeCKO library for genome-scale knockout:一次針對所有基因 Knockout
Library 名稱 序列資訊 貨號 載體 包裝
Human GeCKO Library A 65,383 sequences:
3 sgRNA targeting each of 19,050 genes;
4 sgRNA targeting each of 1,864 miRNA;
1,000 control (non-targeting) sgRNAs.
SC1771 pLentiCRISPR v2 25 ug Mixed pool plasmid (所有 gRNA 質體混合成一管)
SC1774 pLentiGuide-Puro, pLentiCas9-Blast
Human GeCKO Library B 58,028 sequences:
3 sgRNA targeting each of 19,050 genes;
1,000 control (non-targeting) sgRNAs.
SC1777 pLentiCRISPR v2
SC1780 pLentiGuide-Puro, pLentiCas9-Blast
Mouse GeCKO Library  67,405 sequences:
3 sgRNA targeting each of 20,611 genes;
4 sgRNA targeting each of 1,175 miRNA;
1,000 control (non-targeting) sgRNAs
SC1783 pLentiCRISPR v2
SC1843 pLentiGuide-Puro, pLentiCas9-Blast
Mouse GeCKO Library B 62,804 sequences:
3 sgRNA targeting each of 20,611 genes;
1,000 control (non-targeting) sgRNAs.
SC1849 pLentiGuide-Puro, pLentiCas9-Blast

表二:Pathway-focused CRISPR gRNA library:針對特定訊息路徑或疾病,一次檢測所有相關基因
針對訊息路徑或疾病 基因數目 gRNA 數目
ABC Transporter 100 298
Acute myeloid leukemia 45 135
Adipogenesis 126 378
Adult Stem Cells 58 174
Alzheimer's disease 94 281
Angiogenesis 92 276
Apoptosis 68 204
B cell receptor signaling pathway 58 174
Bladder cancer 37 111
cAMP & calcium Signaling Pathway 91 271
Cardiovascular Disease 91 273
Cell Cycle 84 252
Chemokine signaling pathway 134 402
Chronic myeloid leukemia 57 171
Colorectal cancer 54 162
Cytochrome P450 57 171
Diabetes 44 132
Drug Metabolism 34 102
Drug Resistance 348 1044
Drug transporters 84 252
ES Cell Differentiation 334 1002
Extracellular Matrix & Adhesion 84 252
GPCR 280 840
Growth Factor 161 483
Histone Modification 259 776
Hormone Activity 108 324
Ion Channels (Potassium) 67 201
Nuclear Hormone Receptors 117 351
Oncogenes 289 867
Tumor Metastasis 60 180
Tumor Suppressor 720 2155
WNT Pathway 92 276

表三:CRISPR transcriptional activation SAM library:一次針對所有基因促進表現 
Library 名稱 序列資訊 貨號 載體 包裝
Human SAM Library 70,781 gRNA sequences:
3 sgRNA targeting each of 23,430 unique coding isoforms,
491 non target control
SC1770 pLenti sgRNA(MS2)_zeo;
pLenti dCas9-VP64_Blast;
pLenti MS2-P65-HSF1-Hygro.
25 ug Mixed pool plasmid (所有 gRNA 質體混合成一管)
SC1754 pLenti sgRNA(MS2)_puro;
pLenti dCas9-VP64_Blast;
pLenti MS2-P65-HSF1-Hygro.
Mouse SAM Library 69,716 gRNA sequences:
3 sgRNA targeting each of 23,075 unique coding isoforms,
491 non target control
SC1844 pLenti sgRNA(MS2)_puro;
pLenti dCas9-VP64_Blast;
pLenti MS2-P65-HSF1-Hygro.